国家自然科学基金面上项目（42176145）： 近海岸典型水体纤毛虫原生动物群落对阳光紫外辐射变 化的响应机制，2022.01-2035.12. 直接经费58万，主持人；

国家自然科学基金面上项目（31971519）：抗生素胁迫对原生动物种间捕食作用影响及其物种共存机制研究，2020.01-2023.12，直接经费58万，主持人；

国家自然科学基金面上项目（41476128）：基于种群动力学特征探讨原生动物对海洋近岸水体营养盐变化的响应机制，2015.01-2018.12，经费95万，主持人；

国家自然科学基金重点项目（31430077）：南中国海纤毛虫原生动物的区系与多样性研究，2015.01-2019.12，总经费323万，排名第2；

国家自然科学基金面上项目（31071893）：海水养殖水体中原生动物的环境监测功能及上下行效应的调节作用，2011.01-2013.12，经费35万，主持人；

国家自然科学基金重点项目（31030059）：纤毛虫：重要模型动物的细胞发育、模式建立与系统演化，2011.01-2014.12，总经费200万，排名第2;

国家自然科学基金青年项目（30700069）：海水养殖环境中原生动物的生态毒理学研究：重要渔药的毒理效应与毒杀机理，2008.01-2010.12，经费16万，主持人;

国家自然科学基金面上项目（40676076）：热带-亚热带海区纤毛虫重要功能类群的结构与时空演化，2007.01-2009.12，经费37万，排名第2位;

广东省政府－国家自然科学基金联合基金重点项目（U0633006）：广东沿海高风险养殖生态系统重要生物过程与环境调控研究，2007.01-2010.12，总经费80万，子项目负责人。