1.       国家自然科学基金面上项目，41276133，亚热带海湾真核微型浮游生物遗传多样性及其与氮磷的关系，2013/1-2016/12，主持。 

2.       福建省自然科学基金项目，2014J01163，福建省东山湾真核微型浮游生物遗传多样性与富营养化的关系，2014/01-2016/12，主持。

3.       厦门大学中央高校基本科研业务费项目，20720160115，金属纳米颗粒对海洋纤毛虫的分子效应，2016/01-2018/12，主持。

4.       国家海洋局海洋公益性行业科研专项经费项目，201505034，近岸海域微纳米颗粒的生物生态效应评估技术及示范应用，2015/01-2018/12，参加。

5.       国家海洋局专项，全球变化与海气相互作用，2013/01-2016/12，主要参加人。

6.       厦门大学基础创新科研基金（本科生）项目，海洋滩涂底泥宏蛋白质组学研究，2011-2013，主持。

7.       海洋公益性行业科研专项经费项目，201005012-3，“东南沿海半封闭海湾生态系统对人类活动干扰的响应评价、生态重构技术及示范”子任务“海洋生态系统的结构与功能”，2010/07-2014/06，主要参加人。

8.       厦门大学2013年度聘请单位重点外专引智项目（瑞士纳沙泰尔大学），主持。

9.       国家自然基金面上项目，40972218，三峡库区地质成因富磷河流藻类多样性及初级生产力时空演变特征研究，2010-2012，第一参加人。

10.   国家自然科学基金青年基金项目，30800097，砂壳虫属分子系统发育和遗传多样性研究，2009/01-2011/12，主持。

11.   中国地质大学（武汉）优秀青年基金（全校第一），No.CUGQNL0801，大同盆地土壤原生动物对浅层高砷地下水环境的响应，2008/01-2009/12，主持。

12.   生物地质与环境地质教育部重点实验室开放基金项目，BGEG0810，模式生物对高砷地下水环境的响应，2008/04-2009/04，主持。

13.   中国科学院淡水生态与生物技术国家重点实验室开放课题，2005FB13，原生动物微卫星DNA多态性探索，2005-2007，主持。

14.   国家重点基础研究发展计划（科技部973项目）子课题，2002CB412308，富营养化对浮游生物遗传结构的影响，2003-2007，主要参加人。

15.   国家自然科学面上项目，30570240，浮游生物群落DNA指纹拓扑结构与物种多样性，2006-2008，参加。

16.   国家自然科学基金重大项目子课题，30490232，浮游动物群落结构及其遗传结构对生源要素变化的响应，2006-2008，主要参加人。