1. 国家自然科学基金面上项目（42076113）：红树林湿地土壤纤毛虫原生动物多样性及时空异质性研究，2021-2024，主持

2. 广东省自然资源厅重点项目（GDOE【2019】A23）：基于大数据构建南海微型真核生物物种、基因资源库及重要危害类群监测技术研发，2019-2021，主持

3. 国家自然科学基金国际合作与交流项目（31761133001）：基于大数据探究西北太平洋和北大西洋海洋浮游类纤毛虫的生物多样性与进化关系，2017-2019，主持

4. 国家自然科学基金面上项目（41576148）：半咸水生境中典型原生动物类群的多样性及谱系生物地理学研究，2016-2019，主持

5. 国家自然科学基金优青项目（31222050）：纤毛虫原生动物的生物多样性，2013-2015，主持