Topic 1 近海海洋过程研究
  
   
  基于东山站，以东山至台湾浅滩为核心断面，以台湾海峡及南海北部作为主要研究区域。
  ◆ 涌升流（上升流）、下沉流、爬坡流、沿岸流等重要物理海洋学过程以及它们的生物地球化学效应，以及这些重要海洋过程的年际变化和年代纪变化研究。
  ◆ 台湾海峡作为重要东海与南海陆架物质交换通道，研究东海与南海的水交换及物质输运过程。
  ◆ 基于台湾海峡及南海北部海洋过程观测数据，构建高精度的海洋灾害（台风、风暴潮等）预报/预警数值模型。
 
     
Topic 2 全球变化背景下近海生态系统的演变
  
   
 

东山珊瑚群落
作为中国近岸造礁珊瑚分布的北界，在全球变化影响下珊瑚群落的长期演变。同时，以造礁珊瑚作为研究对象，分析近现代海洋学的记录，演绎近岸海洋生物地球化学过程，验证全球或区域性气候变化的历史与机理。
  南北生物迁移
台湾海峡是中国沿海生物区系分布关键区域。随着全球气候变化影响加剧，近海生物地理格局正在发生变化，影响着生态系统的结构与功能。以东山及临近海域为重点研究区域，查明气候变化对近海系统地理格局的影响。
  浮游群落年际变动
台湾海峡浮游生态系统的长期演变（Regime Shift）及其对碳、氮的生物地球化学过程影响的研究。
 
 
 
     
Topic 3 人类活动对近岸环境和生态过程的影响
  
   
  海岸带区域人类活动对近海海洋环境及生态系统的影响
 

◆ 核电站温排放的区域水环境影响，对海湾水动力过程、邻近海域物理过程如上升流、区域生态系统的不同时间尺度的影响；
  ◆ 化工基地建设及人工填海等工业活动对海湾生态系统影响研究；
  ◆ 密集的海水养殖海区的生态动力学过程，以及重要环境参数的长期变化，养殖区域与周边水体之间物质元素的交换，养殖水体对大气排放的影响等研究；