1. 国家杰出青年科学基金项目“生物考古与分子人类学”，T2425014，400万元，2025-2029，主持

2. 国家社科基金重大项目“多学科视角下的汉藏语系的起源和演化研究”并获滚动资助，21&ZD285，120万元，2022-2026，首席专家

3. 国家重点研发计划“人类陈旧骨骼遗骸身份多模态鉴定关键技术研究及应用”，2024YFC3306701，240万元，2024-2027，课题负责人

4. 国家自然科学基金面上项目“东亚地区新石器化过程中的人群变迁”, 32270667，54万元，2023-2026年，主持

5. 国家自然科学基金青年项目，中国东南各族群的遗传混合，31801040，2019-2021, 25万元，主持

6. 福建省自然科学基金杰出青年基金项目“中国南方人群的精细遗传结构及演化历史研究”，2023J06013，30万元，2024-2026年，主持

7. 国家民委、国台办和教育部三部委联合委托项目“南岛语族的遗传溯源研究”，10万元，2022-2023年，主持

8. 国家重点研发计划“基于基因组多遗传标记特征的跨代际系谱比对及亲缘判定技术研究”，2023YFC3303701-02，60万元，2023-2026，子课题负责人

9. 国家社科基金重大项目“多学科视角下的南岛语族的起源和形成研究”，20&ZD248，总项目经费80万元，2021-2025，子课题负责人

10. 教育部哲学社会科学研究重大专项项目“中国上古基因谱系、族群谱系和文化谱系的对证研究”，2022JZDZ023，总项目经费50万元，子课题负责人

11. 欧盟ERC重大项目-European Research Council (ERC) grant (ERC-2019-ADG-883700-TRAM)，甘肃-青海地区人群和语言融合研究，54625欧元，2021-2026，子课题负责人

12. 2021年度马克思主义理论研究和建设工程重大项目（同时列为国家社科基金重大项目）“亚洲文明特质以及人类文明多样性研究”，2021MZD014，总项目经费60万元，子课题负责人

13. 中央高校基本科研业务费，中国东北地区新石器农业人群的源流及其与通古斯语扩散的关系，0640/ZK1144，2018.01-2020.12，10 万元，主持

14. 南强青年拔尖人才支持计划，厦门大学科研启动经费，0640/X2123302，2017-2022，200万元，主持

15. 横向项目，中国人群遗传多样性解析，0310/K8220003，2020-2025, 5万元，主持

16. 马普博士后基金，Max Planck Society, Reconstruct population history in East Asia, 2015-2017，50万元，主持

17. 教育部博士研究生学术新人奖，基于深家系的 Y 染色体突变率估算，2013-2015，5 万元，主持