第九届海峡两岸海洋科学研讨会于2012年8月31日至9月3日，在地处台湾海峡西岸的福建武夷山举办。两岸及海外华人157名代表参会，其中，大陆地区83人、台湾地区52人、其他海外华人22人。

该研讨会由厦门大学近海海洋环境科学国家重点实验室主办；国家海洋局第二海洋研究所卫星海洋环境动力学国家重点实验室、福建海洋研究所、国家自然科学基金委员会和国家海洋局第三海洋研究所海洋-大气化学与全球变化重点实验室等单位共同协办；同时得到了国家海洋局和中国海洋研究委员会（SCOR- China）的大力支持。

会议共提交了57个口头报告、开设了4场墙报展示，共80余个墙报参加交流和分享。本次会议主要围绕中国海及西太平洋等海域的海洋科学问题进行研讨，旨在进一步增进两岸海洋科学的学术交流，推动两岸的实质合作研究关系。

厦门大学戴民汉教授和台湾海洋科技研究中心高家俊主任共同主持了大会讨论和总结部分。与会代表充分肯定了本届会议取得的成果，并就两岸可能合作的议题进行了热烈的研讨，达成了一些合作共识。海峡两岸学者对共同参与到大型国际/地区研究计划，如微量元素和同位素海洋生物地球化学循环国际合作项目（GEOTRACES）、西北太平洋海洋环流与气候试验计划（NPOCE）、中国海洋研究委员会（SCOR-China）等表示了关注，希望通过此种合作，推动两岸学者共同科研和数据共享。两岸学者认为，合作地域范围可以扩展到吕宋海峡，甚至是全球范围，如北极和南极。近期的目标是努力实现台湾海峡地区对台风等极端天气的预警、预报；对浮标、雷达等观测手段进行合作研发；两岸将努力实现研究船的互搭、互载，推进两岸研究船同步观测、资源共享、资料互较等。会议还就未来会议的组织方式等有关问题进行了讨论，如建议设计一个海峡两岸会议的固定网页和会标（logo），固化并扩大宣传，提高两岸会议知名度。此外，纵观二十年来，会议相关书面档案很少，建议定期出版会议专辑等等。经讨论，下一届会议将在台湾高雄举办。

自1991年在杭州举办的首届会议，至2010年台湾花莲举办的第八届会议，海峡两岸海洋科学会议经历了整整20年。期间，两岸变化日新月异，海洋科学合作研究大踏步发展。为此，第九届会议会务组制作了“图说海峡两岸海洋科学交流二十年”纪念相册，以记载两岸海洋人共同走过的风雨历程和取得的阶段性成果。第九届会议开启了海峡两岸海洋科学共同发展的新篇章，希望这一美好的愿望能够在两岸同仁及海外华人的共同努力下，早日硕果累累。