10月12日，经过两天由主题报告、学术报告、讨论、墙报展示等多种形式组成的青年科学家论坛顺利闭幕。晚上6点，以黄瑞新教授为主席，由戴民汉教授、焦念志教授、李铁刚研究员、王凡研究员、殷克东研究员5人为委员的评奖委员会在全体与会代表民主评议的基础上，公平公正地推选出两名“最佳报告奖”和六名“优秀奖”。当晚，中国海洋学会副理事长潘德炉院士出席了颁奖仪式，与黄瑞新教授一起为获奖代表颁奖，对会议的组织、承办及顺利进行给予了高度评价，并对青年海洋学子提出了殷切期望。 颁奖典礼后，组织实施委员会举行了此次论坛的最后一次工作会议，总结本次论坛的成功经验和不足之处，讨论改进策略。实施委员会将尽快整理出会议成果总结报告及战略建议并提交中国海洋学会和国家自然科学基金委员会。 组织实施委员会商议推荐国家海洋局第二海洋研究所承办“第三届青年海洋科学家论坛”。 10月16日，组织实施委员会拟订《青年海洋科学家论坛指南》（试行草案），现公布，详见附件，欢迎提出实施或改进意见。

第二届“青年海洋科学家论坛”获奖名单：

最佳报告奖： 
张瑶 厦门大学 论文题目：Community successions and variations of bacterial production of major bacterial groups along a salinity gradient in the South China Sea
曹瑞雪 广东海洋大学海洋 论文题目：表层气泡光学测量技术研究 

优秀奖： 
翟惟东 厦门大学论文题目：南海北部CO2海-气通量年际变化初报 
白 雁 国家海洋局第二海洋研究所论文题目：黄东海颗粒有机碳和溶解有机碳的遥感反演 
刑 磊 中国海洋大学论文题目：利用生物标记物研究全新世东海陆架区的古环境变化 
陈纪新 厦门大学论文题目：Molecular and pigment studies of the eukaryotic ultraplankton in upwelling waters in the southern Taiwan Strait in the summer of 2004 
赵京涛 中国科学院海洋研究所论文题目：热带西太平洋暖池边缘晚第四纪以来海水上层结构和古生产力变化 
陈 旭 中国海洋大学论文题目：陆架陆坡区内孤立波的分裂