在研：

1. 国家自然科学基金委重点支持项目-促进海峡两岸科技合作联合基金，“台湾海峡浮游植物群落演变及其对河口羽流-上升流耦合系统的响应”，（U1805241），2019.1-2022.12，230万（直接费），2018年到款112万
2. 国家重点研发计划全球变化及应对重点专项“海洋生态系统储碳过程的多尺度调控及其对全球变化的响应”（2016YFA0601200），2016.07-2021.06, 2500万，项目负责人。
3. 大洋“十三五”资源环境类项目课题，东太平洋环境监测保护，课题五，东太平洋海山区生物多样性热点区研究（DY135-E2-5-05），2018.1-2020.12，300万；

已结题：

4. 国家重大科学研究计划，南海碳循环过程、机理及其全球意义（2015CB954000），课题二浮游植物固碳及其对南海碳循环的调控机制（2015CB954002），72万，研究骨干。
5. 国家基金委-山东省联合基金项目，“海洋生态与环境科学”（U1406403），第一阶段2014.07-2016.12，100万（40万），负责内容，东海-黄海浮游植物群落结构和初级生产过程，项目骨干。（U1606404），第二阶段2017.1-2019.12，88万（44万），负责内容，海洋浮游植物群落演变与初级生产过程
6. 校长基金，亚热带河海界面生物地球化学过程，
7. 中国科学院战略性先导科技专项（A类），黑潮及其变异对中国近海生态系统的影响（XDA11020100），2013.10-2017.02，50万，研究骨干
8. 国家自然科学基金重点项目：南海浮游生态系统结构及其对生物泵效率的调控机制（41330961），2014.01－2018.12，296万，课题负责人。
9. 国家自然科学基金国际(地区)合作与交流项，2017年度海洋环流、生态系统、缺氧及生态后果研讨会（41781260060），2017.1-2017.12，3.6万，课题负责人。
10. 南方海洋中心项目：海洋科技成果转化与产业化示范, 河流入海通量在线监控关键技术研发及示范（14GST68NF32）,2014.12-2017.11，248.97万，课题负责人。
11. 海洋局全球变化专项，热带海洋生态系统和碳循环的相互制约关系（GASI-03-01-02-03），2014.01-2017.06，260万（40万），项目骨干。
12. 博士点基金，南海浮游植物群落结构对中尺度物理过程的响应（20130121110031），12万,2014.01-2016.12，课题负责人
13. 国家重点基础研究发展规划（973），中国近海水母暴发的关键过程、机理及生态环境效应，课题3－浮游植物群落演替与水母暴发的相互影响（2011CB403603），2011.01－2016.01，284万，课题负责人。
14. 国家自然科学基金：东海青绿藻的生态学研究（41176112），2012.01－2015.12，72万，课题负责人。
15. 海洋公益性行业科研专项经费项目：我国海洋浮游生物分类鉴定技术及在生物多样性保护中的应用，课题5－“海洋浮游生物分子分类技术及应用示范”（201005015－5），2010.07–2014.06，141万，课题负责人。
16. 海洋公益项目，海洋藻类和细菌固碳能力潜力评估技术研究与应用之课题三我国近岸、外海典型生态系统浮游植物储碳能力调查与评估（201105021-03），2011.01-2014.12, 70万，项目骨干。
17. 国际基金委自然科学基金创新研究群体科学基金，海洋生物地球化学过程与机制（41121091），47万，项目骨干。
18. 国家自然科学杰出青年科学基金：典型海区基于功能群的浮游植物群落结构及其与颗粒有机碳输出的耦合（40925018），2010.01－2013.12，200万，课题负责人。
19. 国家重点基础研究发展规划（973）：碳的微生物再循环、沉降输出与埋藏（2009CB421203），中国近海碳收支、调控机理及生态效应研究（2009CB421200），258万，第三课题，骨干。
20. 国家自然科学基金重点项目：南海典型海区重要浮游植物功能群的演变及其与生物地球化学过程的耦合（40730846），2008.01－2011.12，165万，课题负责人。
21. 国际基金委自然科学基金创新研究群体科学基金，海洋生物地球化学过程与机制（41121091），47万，项目骨干。
22. 国家自然科学基金：典型赤潮生物高亲和磷转运系统及其调控机理研究（40576055），2006.01－2008.12，43万，课题负责人。
23. 国家重点基础研究发展规划（973）：微食物环在近海食物产出过程中的耦合作用，第四课题“我国近海生态系统食物产出的关键过程及其可持续机理”（2006CB400604），2006.01－2010.12，专题负责人。
24. 教学部新世纪优秀人才培养计划：海洋微型生物的分子生态学研究（NCET–04–0599），2005－2007，50万。
25. 国家自然科学基金创新研究群体：海洋生物地球化学过程与机制（40521003），2006－2012，360万，骨干。
26. 福建重大基础研究前期：福建典型海区赤潮生物及毒素检测的关键技术研究（2005YZ1018），2006－2007，20万，课题负责人。
27. 厦门市重点科技项目：厦门海域典型有害赤潮生物的快速检测技术（3502Z20041059），2004.05－2006.12，20万元，负责人。
28. 国家高技术研究发展计划（863）：“赤潮浮游生物综合测量系统及分析技术”启动经费，2002.02－2002.12，30万，主要参加者。
29. 福建省海洋与渔业局科技项目（无编号）：福建典型赤潮生物的检测技术及其应用，2004－2005，5万元，课题负责人。
30. 国家自然科学基金重点项目：台湾海峡上升流区浮游植物对海洋环境年际变动的响应（40331004），2004.01－2007.12，140万，主要合作者。
31.  
32. 教育部优秀青年教师资助计划（无编号）：中国亚热带近海微型生物多样性及生态过程研究，2004.01－2006.12，9万，课题负责人。
33. 国家自然科学基金：特征光合色素对海洋初级生产过程的指示作用（40376043），2004.01－2006.12，35万元，课题负责人。
34. 国家重点基础研究发展规划（973）：东、黄海生态系统动力学与生物资源可持续利用，第六课题“东、黄海的初级生产、异养微生物二次生产以及微型生物生态过程研究”（G1999043706），1999.10－2004.10，70万，负责人之一。
35. 国家重点基础研究发展规划（973）：“我国近海有害赤潮发生的生态学、海洋学机制及预测防治”之第四课题“我国典型赤潮高发区重要赤潮生物对营养物质的生理生态反应”（2001CB409704），2001.04–2006.03，175万，主要参加者。
36. 国家自然科学基金：近岸海域光合色素的生物地球化学研究（40276039），2003.01－2003.12，9万元，课题负责人。
37. 国家自然科学基金：近岸海域超微型浮游植物的生物多样性研究（40076031），2001.01－2003.12，25万，课题负责人。
38. 国家自然科学基金重点项目：台湾海峡生原要素的生物地球化学过程研究（49636220），1997.01－1999.12，100万，第一合作者。
39. 教育部骨干教师基金（无编号）：海洋微型生物生态过程研究，2000.10－2003.09，12万（其中学校配套6万），课题负责人。
40. 教育部留学回国人员科研启动基金（无编号）：厦门海域微微型浮游植物的生物多样性研究，2002.06－2004.05，4万，课题负责人。
41. 厦门市环保局：厦门海域生态系统动态监测与评价研究，2003.01–2004.10，7万，课题负责人。
42. 国家自然科学杰出青年基金：珠江三角洲及其邻近的南海北部海域中碳的生物地球化学循环研究–胶体在该循环中的显著作用，1999.01－2002.12，80万，主要合作者。
43. 国家自然科学重大项目：中国沿海典型增养殖区有害赤潮发生动力学及防治机制研究，1997.01－2000.12，28万，主要合作者。
44. 福建省专项经费：台湾海峡及其邻近海域中上层鱼类资源及其预测研究，1997.05－1999.12，50万，专题负责人。
45. 福建省重点项目：台湾海峡生物资源及其环境动态监测与管理系统研究，1998.06－2000.12，30万，专题负责人。
46. 国家自然科学基金：亚热带近海微型浮游生物在碳循环过程中作用机制研究(49776308)，1998.01－2000.12，14万，课题负责人。
47. 国家自然科学青年科学基金：海水中溶解有机磷的形态及其对海域生物生产力的调控作用(49206063)，1993.01－1995.12，4.5万，课题负责人。
48. 福建省自然科学基金：海洋浮游植物在磷微循环过程中调控作用，1990.01－1991.12，1.1万，课题负责人。
49. 福建省自然科学基金：厦门港、九龙江口初级生产力的粒级特征，1994.5－1996.5，1.5万，课题负责人。
50. 华东师范大学河口海岸国家重点实验室基金：近岸河口微微型浮游植物在碳循环过程中作用机制研究，1997.06－1999.06，1万，课题负责人。
51. 国家教委、省科委重点项目：台湾海峡及其邻近海域生物生产力及其调控机理研究，1994.1－1996.12，60万，第一合作者。
52. 国家教委、省科委重点项目：闽南–台湾浅滩渔场上升流区生态系研究，1987.01－1990.05，60万，主要合作者。
53. 国家自然科学主任基金：香港维多利亚港和厦门港污染沉积物变化过程对比研究，1993.01－1995.12，20万，主要合作者。
54. 欧共体国际合作基金：珠江口有毒重金属和有机污染物的归宿，1995－1997，主要合作者。
55. 国家自然科学重点项目：台湾海峡生原要素的生物地球化学过程研究(49636220)，1997.01－1999.12，100万，第一合作者。