东山县位于福建省南部沿海、东海与南海交汇处（北纬23°33′-23°47′，东经117°17′-117°35′），具有得天独厚的气候、地质和水文条件，拥有丰富的海洋生物资源，包括鱼类200多种，甲壳类60余种，贝类160余种，头足类30余种。

有记载的珍稀或重要海洋生物有玳瑁、棱皮龟、绿海龟、蠵龟、丽龟等5种海龟，及中华白海豚、江豚、宽吻海豚等哺乳类动物。

此外，东山海域目前共发现各类珊瑚32种，隶属3目12科。作为中国大陆沿岸造礁珊瑚群落分布的最北缘，东山海域共记录造礁珊瑚7种，均属于国家二级保护动物。